Kapellet på Hammershus nævnes første gang i 1334. Det var dengang indviet til Sankt Margareta. Man ved ikke, om kapellet var indrettet i Manteltårnet, eller om den særlige kirkefløj fandtes allerede dengang.
Kirkefløjen har i 1600-tallet haft to etager. Nederste var kapellet, øverst den såkaldte »Kongesal« og »Kongens gemak«. Man kom ind i kirken gennem et lille forrum.
Lige inden for døren fandtes en kakkelovn. Kirkerummet havde tre hvælvinger, som dog skyldes en senere ombygning, formentlig i lybeckertiden. Alter og prædikestol fandtes i østenden, modsat indgangen.
Over alteret var der endnu i 1700-tallet tydelige kalkmalerier: Våbenskjolde og navne på lensmænd i tiden 1587-1694.
Kongesalen og gemakket over kirken var i lange tider borgens fineste rum. Her boede Christian IV, når han besøgte Bornholm. Gulvet i salen var belagt med fine stenfiiser og loftet prydet med stukreliefer. Man kom op i Kongesalen ad en trappe ved kirkens forrum.
Den er senere muret til. Fra Kongesalen var der forbindelse til Manteltårnet via et trappetårn, der også havde en dør ind til kirken. Under kirken findes et lille hvælvet rum, der er åbent ud mod en lav kælder i kirkens forrum.
Det har sandsynligvis været en ovn, der i middelalderen har opvarmet hele fløjen.Ved kirkens indgang er opsat en sten med et indhugget symbol: Sankt Laurentius’ rist. Sankt Laurentius levede i Italen i 200-årene. Den romerske kejser Valerian krævede, at Laurentius udleverede kirkens rigdomme.
Men han gav pengene til de fattige, for, som han sagde om de fattige: »Disse er kirkens rigdom.« Laurentius led herefter martyrdøden: han blev stegt på en glødende rist over et bål af trækul. Laurentius blev værnehelgen for brandmænd, kulsviere, bagere og kokke, idet han beskyttede mod ildebrand og skoldning. I Norden blev Sankt Laurentius kaldt Sankt Lars. Han var skytspatron for domkirken i Lund og en af middelalderens mest populære helgener.
Præst eg to messedrenge (efter træsnit fra midten af 1500-tallet)